La arteria pudendo interna se ramifica de la arteria ilíaca interna y lleva sangre oxigenada a los genitales externos tanto de hombres como de mujeres. Sin embargo, debido al género, existen algunas diferencias anatómicas.
La arteria tiende a ser más pequeña en las mujeres. Además, algunas de las ramas de la arteria son específicas del género. En los hombres, las ramas de esta arteria incluyen la arteria dorsal y profunda del pene, mientras que las mujeres tienen una arteria dorsal y profunda del clítoris. Las mujeres tienen ramas labiales posteriores, mientras que los hombres tienen ramas escrotales. También hay otros vasos de esta arteria específicos de los genitales.
Las arterias rectal inferior y perineal que se ramifican desde la arteria pudendo interna son las mismas en ambos sexos.